Παρουσία εκπροσώπων σωματείων και της Ε. Ε. της ΕΠΣΗ, πραγματοποιήθηκε από την Επιτροπή Πρωταθλήματος στα γραφεία της Ένωσης, η κλήρωση για τον καταρτισμό των ομίλων της Β' Κατηγορίας.
Η κλήρωση έγινε για τις ομάδες της πόλης του Ηρακλείου που τοποθετήθηκαν στους δύο ομίλους. Οι ομάδες του Μαλεβιζίου (Μαραθώνας, Άλογο Μαλ., Νέοι Αλμυρού) τοποθετήθηκαν στον δεύτερο όμιλο, με το πρωτάθλημα να ξεκινά στις 17-18 Οκτωβρίου.
Μετά την κλήρωση, οι όμιλοι της Β' Κατηγορίας διαμορφώνονται ως εξής: