Στην ανάδειξη και προστασία του οικοτόπου της λίμνης Αγιάς που βρίσκεται στα διοικητικά όρια του Δήμου Χανίων προχωρούν μέσω προγραμματικής σύμβασης που προβλέπει την εκπόνηση ειδικού ερευνητικού έργου, ο φορέας διαχείρισης Εθνικού Δρυμού Λευκών Ορέων, το Πολυτεχνείο Κρήτης, ο Δήμος Χανίων και η Περιφέρεια.
Όπως χαρακτηριστικά αναφέρει η εισηγητική έκθεση που παρουσιάζει το ΑΠΕ – ΜΠΕ , «η λίμνη της Αγιάς μαζί με τον παλιό μικρό υδροηλεκτρικό σταθμό που υπάρχει στην περιοχή, συνιστά ένα μοναδικού ενδιαφέροντος τοπίο (υδροβιότοπο, αγροτικό τοπίο ) και είναι ενταγμένη στο πρόγραμμα NATURA 2000. Η περιοχή παρουσιάζει ένα έντονα αγροτικό χαρακτήρα, διαθέτει σημεία ενδιαφέροντος όπως τις φυσικές πηγές της λίμνης, το κτίριο του υδροηλεκτρικού σταθμού, την εκκλησία της Παναγίας (παλαιοχριστιανική), τον υδρόμυλο».
Με δεδομένο ότι η περιοχή δέχεται πιέσεις από αγροτικές και βιοτεχνικές παραγωγικές μονάδες καθώς και από την υπεράντληση των υδάτων της λίμνης λόγω της διαχείρισης τους από διαφορετικούς φορείς, η διαχείριση και η προστασία του χώρου θεωρείται υψίστης σημασίας .
Η λίμνη της Αγιάς που βρίσκεται στον κάμπο των Χανίων κατέχει έκταση 450 στρεμμάτων, η οποία φιλοξενεί ίσως την μεγαλύτερη ποικιλία υδροχαρών φυτών στην Κρήτη, αλλά και πολύ σημαντικά είδη πανίδας, όπως σπάνια είδη φτέρης και βατράχων. Επίσης, στην λίμνη βρίσκουν καταφύγιο πολλά αποδημητικά, και μη, πουλιά. Η οικολογική σημασία της λίμνης της Αγυιάς αντικατοπτρίζεται και στο γεγονός ότι η λίμνη προστατεύεται από διεθνείς συνθήκες
Με βάση αυτά τα δεδομένα, όπως αναφέρει η εισηγητική έκθεση, «σκοπός της εκπόνησης του ερευνητικού προγράμματος είναι η ένταξη σε ένα συγκροτημένο σύνολο των έργων που έχουν ήδη εκπονηθεί και η σύνταξη ενός ευρύτερου πλαισίου συνολικής διαχείρισης και ανάδειξης του τοπίου και της περιοχής με βάση τις αρχές της αειφορίας σε επίπεδο χωρικό, κοινωνικό και οικονομικό»
Πιο συγκεκριμένα, σκοπός είναι με ήπιες παρεμβάσεις η περιοχή να καταστεί: προσβάσιμη σε φυσιολάτρες, πεζοπόρους, ποδηλάτες, ορειβάτες, εκπαιδευτές και εκπαιδευόμενους.
Χώρος αναψυχής των κατοίκων της περιοχής.
Χώρος εκπαίδευσης όσον αφορά στην πανίδα, χλωρίδα, τον κύκλο του νερού (γεωμορφολογία της περιοχής) και τις ανανεώσιμες πηγές ενέργειας.
Υπερτοπικός πόλος έλξης και κόμβος ποδηλατικών και φυσιολατρικών διαδρομών διαφυλάσσοντας και αναδεικνύοντας τα ιδιαίτερά του χαρακτηριστικά.
Στόχος του έργου είναι η διαμόρφωση Γενικού Διαχειριστικού Σχεδίου ανάδειξης και σύνδεσης της Λίμνης της Αγιάς, του ΜΥΗΣ και της ευρύτερης περιοχής. Το σχέδιο θα καταρτιστεί σύμφωνα με τις απαιτήσεις της σύγχρονης νομοθεσίας και των διεθνών πρακτικών.
