Η Αρμένικη Εκκλησία στο Ηράκλειο αναφέρεται ως η αρχαιότερη εκκλησία που σώζεται στην Ευρώπη. Τον 12ο αιώνα λειτουργούσε ως ο Άγιος Γεώργιος ο Δορυανός.
Το 1669 τη χρονιά που ο Χάνδακας περνά από τους Ενετούς στους Τούρκους, ένας Αρμένιος μεγαλέμπορος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας , ονόματι Άμπρο, την αγοράζει από τους Τούρκους και την προσφέρει στους Αρμένιους του Ηρακλείου. Έκτοτε μπόρεσε και διατηρήθηκε ως Αρμένικη Εκκλησία.
Σε όλη τη διάρκεια των 200 και πλέον χρόνων της Τουρκοκρατίας η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου (Σούρπ Γκαραπέτ) ήταν μία από της τρείς εκκλησίες που αφέθηκαν στους χριστιανούς της πόλης για την τέλεση των λειτουργιών τους.
Ο ναός είναι μικρών διαστάσεων, τρίκλιτος και υπέστη αλλαγές στο πέρασμα των χρόνων . Στο εσωτερικό του, δεν υπάρχουν σήμερα εμφανείς τοιχογραφίες . Η διακόσμηση περιορίζεται στο ξύλινο τέμπλο των πλάγιων ιερών, σε φορητές εικόνες και σε εντοίχια ανάγλυφα.
Στον περίβολο της εκκλησίας εκτίθενται τριάντα περίπου επιτύμβιες στήλες που χρονολογούνται από το 1669 έως το 1854. Είναι λίθινες και φέρουν διακόσμηση και επιγραφή στα αρμενικά, ενίοτε στα ελληνικά και τουρκικά. Μνημονεύουν ονόματα κληρικών, ιεροψαλτών και κοσμικών , από οικογένειες που συμμετείχαν πιθανώς στο ενοριακό συμβούλιο και τάφησαν εκεί κατά την Τουρκοκρατία.
Στην βορειοδυτική γωνία του ναού υπάρχει ένα σεμνό εντοιχισμένο μνημείο αφιερωμένο στα θύματα της γενοκτονίας του 1915. Εκεί τελείται ανελλιπώς από το 1978 , στις 24 Απριλίου , ετήσιο μνημόσυνο στη μνήμη των θυμάτων. Σε μικρή απόσταση από την εκκλησία, έξω από τα ενετικά τείχη στη δυτική πλευρά της πόλης (δίπλα από το γήπεδο του Ο.Φ.Η.) σε έκταση περίπου 4 στρεμμάτων βρίσκεται το νεκροταφείο της Αρμένικης παροικίας που είχε παραχωρηθεί από την εποχή της Οθωμανικής αυτοκρατορίας.
Η Αρμένικη εκκλησία αποτέλεσε πόλο συσπείρωσης των Αρμενίων , σχηματίστηκε ενοριακό συμβούλιο , αθλητική ένωση , νεολαία, λειτούργησε σχολείο με 2 Αρμένιους και έναν Έλληνα δάσκαλο , νηπιαγωγείο και βιβλιοθήκη . Στο σχολείο , που λειτούργησε ως το 1946, υπήρχαν 200 μαθητές αλλά ο αριθμός τους μειώθηκε λόγω του επαναπατρισμού μεγάλου αριθμού προσφύγων στη Σοβιετική Αρμενία. Σήμερα οι Αρμένιοι του Ηρακλείου έχουν ελληνική παιδεία αλλά διατηρούν και καλλιεργούν την αρμενικότητα τους χάρη στην ιστορική μνήμη και την εκκλησία τους.
