Τον Φεβρουάριο του 1942 οι Γερμανοί ξεκίνησαν τις συλλήψεις των αντιστασιακών οικογενειών του Κρουσώνα καθώς και όλων όσων τις βοηθούσαν με κάθε τρόπο. Αρχικά οι συλληφθέντες μεταφέρθηκαν σε ένα χώρο μέσα στα ενετικά τείχη του Ηρακλείου, στην Πηγάιδα ή στοά Μακάσι όπως είναι γνωστή σήμερα. Εκεί οι κρατούμενοι στιβάχθηκαν κατά εκατοντάδες μέχρι να μεταφερθούν σε διάφορες τοποθεσίες που βρίσκονταν τα καταστήματα κράτησης.
Οι Κρουσανιώτες μεταφέρθηκαν στις φυλακές Αγιάς Χανίων, όπου δικάστηκαν από τους Γερμανούς και ανάλογα με την ποινή, διαμορφώθηκαν και οι αντίστοιχες συνθήκες κράτησής τους. Οι θανατοποινίτες εκτελέστηκαν αμέσως, ενώ όλοι οι υπόλοιποι έκαναν διάφορες χειρωνακτικές εργασίες. Στις αρχές του φθινοπώρου του 1943 ξεκίνησε η μεταφορά των κρατούμενων για τα στρατόπεδα συγκέντρωσης.
Μεταφέρθηκαν με πλοία μέχρι τον Πειραιά και έπειτα είτε οδοιπορικώς είτε με τρένα στη σημερινή Σερβία και συγκεκριμένα στο Βελιγράδι. Εκεί θα παρέμεναν περίπου πέντε μήνες μέχρι τη συγκέντρωση και άλλων αιχμαλώτων από άλλες περιοχές και θα στέλνονταν στο στρατόπεδο συγκέντρωσης Μαουτχάουζεν στην Αυστρία καθώς και στο κοντινό του υποστρατόπεδό του Γκουσέν που απήχε μόλις 2-3 χιλιόμετρα από το Μαουτχάουζεν.
Στο Μαουτχάουζεν-Γκουσέν οι κρατούμενοι δούλευαν επί 11 ώρες ημερησίως σε λατομεία εξόρυξης γρανίτη. Η εργασία ήταν εξαντλητική. Οι αιχμάλωτοι οδηγούνταν στην εργασία από συγκρατούμενούς τους, τους λεγόμενους Κάπος ή κρατούμενους λειτουργούς, οι οποίοι απολάμβαναν ευνοϊκής μεταχείρισης από τον διοικητή SS του στρατοπέδου. Αυτοί τηρούσαν την τάξη μέσα στο στρατόπεδο, ενώ οι συνθήκες διαβίωσης για την πλειοψηφία των κρατουμένων, εξαρτόταν σε μεγάλο βαθμό από τη συμπεριφορά των Κάπος.
Οι κρατούμενοι υποσιτίζονταν και ζύγιζαν κατά μέσο όρο 30 με 35 κιλά, ενώ δούλευαν συστηματικά μέχρι θανάτου. Η εντατική εργασία και οι στοχευμένες δολοφονίες ήταν η καθημερινότητα. Όσοι κρατούμενοι δε μπορούσαν να εργαστούν λόγω ασθένειας θεωρούνταν άχρηστοι, δε λάμβαναν καμία ιατρική περίθαλψη και αφήνονταν στην τύχη τους. Άλλες φορές οδηγούνταν γρηγορότερα στο θάνατο με περεταίρω μείωση της σίτισής τους και άλλοτε ήταν εκτεθειμένοι σε άσχημες καιρικές συνθήκες σχεδόν γυμνοί, μόνο με τα εσώρουχά τους ή βρέχοντάς τους με λάστιχα που πετούσαν παγωμένο νερό με πίεση. Επίσης αρκετοί χρησιμοποιήθηκαν ως πειραματόζωα στο πλαίσιο ιατρικών και ψυχολογικών πειραμάτων ή εξάσκησης επεμβάσεων χωρίς αναισθησία και οι οποίοι στην συνέχεια δολοφονήθηκαν με δηλητηριώδεις ενέσεις στην καρδιά ή πνίγονταν στον θάλαμο αερίων στον πύργο Hartheim ενώ στη συνέχεια τα πτώματά τους καίγονταν στον φούρνο του κρεματόριου.
Στο παθολογικό ιατρείο δημιουργήθηκε ένα ανατομικό μουσείο, στο οποίο φυλλάσονταν 286 σκευάσματα και ένα εκτενές λεύκωμα με ανθρώπινο δέρμα με τατουάζ, καθώς τα πτώματά των κρατούμενων με φυσικά χαρακτηριστικά ιατρικού ενδιαφέροντος από τους γιατρούς των SS, ή με τατουάζ τεμαχίζονταν από κρατούμενους γιατρούς ή κρατούμενους λειτουργούς (Κάπος) και βαλσαμώνονταν. Συνολικά 45 γερμανικές εταιρείες, ανάμεσα στις οποίες συγκαταλέγονταν βιομηχανίες όπλων, πυρομαχικών, οχημάτων, κινητήρων, καθώς και φαρμακευτικές που έκαναν πειράματα φαρμάκων και εμβολίων, χρησιμοποίησαν κρατούμενους για τις εργασίες τους. Συνολικά 12 Κρουσανιώτες μεταφέρθηκαν σε αυτά τα στρατόπεδα συγκεντρώσεως.
Από το ειδικό αναρρωτήριο-ιατρικό στρατόπεδο Μαουτχάουζεν-Γκούσεν πέρασαν οι Εθνομάρτυρες Κρουσανιώτες οι όποιοι έγιναν πειραματόζωα, θανατώθηκαν στους θαλάμους αερίων και έπειτα κάηκαν στους φούρνους του κρεματόριου για να γίνουν σαπούνι οι εξής:
1. Ξυλούρης Γεώργιος του Δράκου γεννηθείς την 31-10 -1923 στον Κρουσώνα με αριθμό κρατουμένου 38379, κέντρο δολοφονίας στον θάλαμο αερίων Hartheim στις 16-10-1944
2.Βιδάκης Εμμανουήλ Κων/νου γεννηθείς την 20-12-1895 στον Κρουσώνα με αριθμό κρατούμενου 38371, κέντρο δολοφονίας στον θάλαμο αερίων Hartheim στις 12-7-1944
3.Σαββάκης Μιχαήλ Ιωάννη γεννηθείς την 10-2-1889 στον Κρουσώνα με αριθμό κρατούμενου 38339, κέντρο δολοφονίας στον θάλαμο αερίων Hartheim στις 4-7-1944
4.Χουμάς Ιωάννης Νικ. γεννηθείς την 10-5-1891 στον Κρουσώνα με αριθμό κρατούμενου 38242, κέντρο δολοφονίας Ebensee στις 16-3-1944
5.Λουμπάκης Νικόλαος Γεωργ. γεννηθείς την 5-10-1894 στον Κρουσώνα με αριθμό κρατούμενου 38294, κέντρο δολοφονίας στο ιατρείο Mauthausen στις 25-3—1944
6.Βαρδαβάς Γεώργιος Ευαγγ. γεννηθείς την 5-2-1896 στον Βρουχά, διαμένει και συλλαμβάνεται στον Κρουσώνα με αριθμό κρατούμενου 38336, κέντρο δολοφονίας στον θάλαμο αερίων Hartheim στις 4-7-1944.
7.Μακριδάκης Νικόλαος Γεωργ. γεννηθείς την 12-3-1915 στον Κρουσώνα με αριθμό κρατούμενου 64964, κέντρο δολοφονίας στο Melk στις 15-1-1945