Η περιγραφή του τόπου με επίκεντρο τον γνωστό «ανθρωπόλιθο» ύψος 708 μ., από όπου αρχίζει η κοιλάδα του Αξέντι και προσδιορίζονται τα γύρω σημεία, όπως ο βράχος του Προφήτη Ηλία (γεωμετρικό κέντρο ή φάλι της Κρήτης) ο Κούλες, η Μέλισσα, η Πάννονα, οι Αμάδες του Διγενή.Το Λαγκάδι όμως του Αξέντι εξακολουθεί να είναι ένας άγνωστος επίγειος Παράδεισος, όπως είχε αποκαλέσει την ευρύτερη περιοχή του Αγ. Θωμά το 1864 ο Άγγλος περιηγητής Eduard Lear.
Το Αξέντι κατά τα χρόνια της Ενετοκρατίας το έτος 1732 άνηκε στη Μονή Παλιανής ως ιπποτικό φέουδο των αδελφών Πέτρου και Μάρκου Venieri.
Εκείνη την περίοδο όλο το χωριό αλλαξοπίστησε προκυμένου να μη χάσουν οι κάτοικοί του τα προνόμια τους και προσχώρησε στον Ισλαμισμό. και να γλιτώσουν το επαχθές τούρκικο χαράτσι. Στην πορεία του χρόνου οι κάτοικοι του Αξεντίου μετατράπηκαν στους πιο άγριους γενίτσαρους όλης της κεντρικής Κρήτης και στο άκουσμα του χωριού όλοι έτρεμαν, ενώ το όνομα Αξέντι συνδέθηκε με τη σκληρότητα και το μίσος.
Η ανέγερσή του χρονολογείται το 16ο αιώνα. Αν κάποιος κοιτάξει κάτω από το καμπαναριό θα δει ότι έχει σκαλιστεί το οικόσημο των Venier, το οποίο φέρει τα αρχικά MV και τη χρονολογία 1568.
Σύμφωνα με τον αρχαιολόγο Στέφανο Ξανθουδίδη, ο ναός αυτός χρησιμοποιούνταν ως μουσουλμανικό Τέμενος μέχρι και το 1898: το έτος δηλαδή που οι Τούρκοι έφυγαν από την Κρήτη, την οποία είχαν κατακτήσει το 1645 και έμειναν για 253 χρόνια.
Το ότι ο ναός χρησιμοποιήθηκε ως τζαμί – ίσως ήταν και αυτό που τον έσωσε για αυτό δεν είχε τη μοίρα που είχαν οι υπόλοιπες εκκλησίες, 101 στον αριθμό, που ανήκαν στην ενορία του Αξεντίου και οι οποίες καταστράφηκαν από τους κατακτητές .
