Ο ναός του Αγίου Ονουφρίου βρίσκεται στην κεντρική αγορά του Ηρακλείου και είναι εντελώς άγνωστος στους περισσότερους, καθώς είναι εγκλωβισμένος από διάφορα καταστήματα των οδών 1866, Τσικριτζή και Έβανς.
Σήμερα μπορεί να δει κάποιος τον τρούλο του μέσα από την αγορά της οδού 1866 ή τις ταράτσες των παρακείμενων πολυκατοικιών, ενώ πρόσβαση στο εσωτερικό του ναού υπάρχει μέσα από το αρτοποιείο Τούλη.
Σήμερα ο ναός ανήκει σε ιδιώτη. Σε σχέση με τους περισσότερους ξεχασμένους ναούς του Χάνδακα, ο ναός του Αγίου Ονουφρίου βρίσκεται σε σχετικά καλή κατάσταση αν και ο τρούλος έχει υποστεί έντονες ρηγματώσεις.
Επίσης, εσωτερικά έχει χωριστεί σε δύο τμήματα, κάθετα και οριζόντια, με την προσθήκη μεσοπατώματος από μπετόν και κάθετου τοίχου με δοκάρια επίσης από μπετόν, που οριοθετεί τις ιδιοκτησίες. Παρόλα αυτά με τις κατάλληλες παρεμβάσεις θα μπορούσε να καταστεί λειτουργικός, αφού αγοραστεί από το δημόσιο.
Ο ναός αναφέρεται για πρώτη φορά σε έγγραφο του 1583 και είναι μονόκλιτη βασιλική με τρούλο. Κατά τη διάρκεια της Οθωμανικής κατοχής του νησιού πιθανώς λειτούργησε ως χαμάμ. Μετά την αποχώρηση των Οθωμανών μεταβιβάστηκε σε ιδιώτη και λειτουργούσε ως λαδάδικο.
Στο Ιστορικό Μουσείο Κρήτης φυλάσσεται πώρινο αγαλματίδιο του Αγίου Ονουφρίου (16ος αιώνας) με ελληνική επιγραφή που αναγράφει «Στέκομαι γυμνός μπροστά στο δημιουργό μου γιατί εκείνος πήρε από πάνω μου τη ντροπή της αμαρτίας», το οποίο ίσως ανήκε στο ναό.