Η διασφάλιση της Δημόσιας Υγείας και η πρόληψη εστιών μόλυνσης στις πληγείσες περιοχές της Θεσσαλίας αποτελούν προτεραιότητα για την Κυβέρνηση και το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων.
Η Διεύθυνση Κτηνιατρικής του Υπουργείου, από την πρώτη ημέρα της εξέλιξης της θεομηνίας, εξέδωσε έγγραφο προς τις αρμόδιες Υπηρεσίες της Περιφέρειας Θεσσαλίας, παρέχοντας τις σχετικές οδηγίες για τη περισυλλογή και τη διαχείριση των νεκρών ζώων.
Σε περιοχές της Ημαθίας και της Αρκαδίας μεταφέρονται τα νεκρά ζώα από τη Θεσσαλία, όπου θα υποβληθούν σε αποτέφρωση σε ειδικούς κλιβάνους. Αυτό γίνεται με σκοπό τη διασφάλιση της δημόσιας υγείας και την πρόληψη εστιών μόλυνσης στις πληγείσες περιοχές.
Η μεταφορά των νεκρών ζώων από τη Θεσσαλία γίνεται με ειδικά φορτηγά-ψυγεία προς πιστοποιημένους χώρους καύσης στις περιοχές αυτές. Επίσης, ανάλογα με τις συνθήκες, μπορεί να χρησιμοποιηθούν και άλλοι χώροι σε διάφορες περιοχές της Ελλάδας για την αποτέφρωση των νεκρών ζώων.
Στη σύσκεψη αποφασίστηκε ότι την ευθύνη του συντονισμού των αρμοδίων περιφερειακών κτηνιατρικών υπηρεσιών και του ΕΛΓΑ θα έχει ο αρμόδιος Αντιπεριφερειάρχης Θεσσαλίας Απόστολος Μπίλλης.
Για λόγους επιτάχυνσης των διαδικασιών αποφασίστηκε να μη γίνει καταγραφή των νεκρών ζώων από τον ΕΛΓΑ με επιτόπιο έλεγχο, αλλά αυτή να στηριχθεί στα επίσημα στοιχεία της Κτηνιατρικής Υπηρεσίας, τα οποία θα διασταυρωθούν αργότερα με τα στοιχεία του ΕΛΓΑ και τις δηλώσεις των κτηνοτρόφων.