Οι καμπάνες της Μονής χτύπησαν 600 χρόνια μετά,το 2016 όπου και έγιναν τα θυρανοίξια της Μονής.
Οι αρχαιολογικές ανασκαφές είχαν γίνει από τον καθηγητή Αθανάσιο Παλιούρα και έφεραν στο φώς το μοναστήρι. Ο Ναός των Τριών Ιεραρχών αναστηλώθηκε με δαπάνες της Ιεράς Μονής Κουδουμά, με ηγούμενο τον Μακάριο Σπυριδάκη ενώ η επίβλεψη έγινε από την Αρχαιολογική Υπηρεσία και τον Αρχιτέκτονα Ηρακλή Πυργιανάκη .
Ο λόγιος μοναχός και αριστοτελικός σχολιαστής Ιωσήφ Φιλάγρης δραστηριοποιήθηκε σε μια έρημη περιοχή της Νότιας Κεντρικής Κρήτης (αναφέρεται και ως Ερημούπολις), όπου υπήρχαν διάσπαρτα μονύδρια, ασκηταριά και σπήλαια -χώροι διαμονής των ερημιτών, που συνέχιζαν τη μακραίωνη πορεία του ασκητικού βίου.
Στο μοναστήρι των Τριών Ιεραρχών, στα ερημικά Αστερούσια, υπήρχε κέντρο αντιγραφής χειρογράφων.
Εκεί, ο Ιωσήφ Φιλάγρης αντέγραφε κώδικες, χειρόγραφα και περγαμηνές, όχι μόνο των πατερικών κειμένων, αλλά και αρχαίων συγγραφέων, ιδιαίτερα, μάλιστα του Αριστοτέλη. Την εποχή εκείνη ο Αριστοτέλης ήταν σε διωγμό σε ολόκληρη την Ευρώπη “λόγω του ότι ήταν ο θεμελιωτής των θετικών επιστημών.
Η Καθολική Εκκλησία είχε εξαπολύσει ένα φοβερό διωγμό των έργων του. Οι κώδικες του Φιλάγρη μαρτυρούν μια πρώιμη πνευματική αναγέννηση και τα χειρόγραφά του διασώζονται σήμερα σε μεγάλες βιβλιοθήκες του Λονδίνου, της Βιέννης, του Παρισιού, του Βουκουρεστίου, κ.α.”