Ο Ιερός Ναός της Παναγίας Σταυροφόρων χτίστηκε το 1205 µ.χ. από τους Σταυροφόρους γι' αυτό και η oνoµασία.
Κτίστηκε σύμφωνα µε τις υπάρχουσες πληροφορίες πάνω στα ερείπια παλαιότερου ναού ο οποίος και είχε κτισθεί στο όνομα της Παναγίας τον 8ο ή 9ο µ.χ. αιώνα όπου σύμφωνα µε την παράδοση εκκλησιαζόταν οι στρατιώτες του Νικηφόρου Φωκά όταν ήλθαν από το Βυζάντιο και απελευθέρωσαν την Κρήτη από τους Άραβες (Σαρακηνούς). Η βασιλική αυτή λειτουργούσε σαν καθολικός ναός σε όλη την διάρκεια της Ενετοκρατίας και από τον 14ο αιώνα αναφέρεται ως Παναγία των Σταυροφόρων.
Μετά την παράδοση του Ηρακλείου από τους Ενετούς στους Τούρκους το φθινόπωρο του 1669 και αμέσως τα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας µετεβλήθει σε τζαµί και αφιερώθηκε εις τον Αγκεµπούτ πασά του Χουσκιαλή. Μετά την αναχώρηση των Τούρκων από το Ηράκλειο οι χριστιανοί της πόλεως που ήξεραν ότι πριν το τζαµί ήταν εκκλησία και επειδή μέσα στο Ιερό υπήρχε ένα μικρό τµήµα τοιχογραφίας όπου απεικoνίζετo ο Άγιος Μάρκος, υπέθεσαν ότι ο Ναός αυτός ήταν του Aγioυ Μάρκου και τον ονόμασαν Αγ. Μάρκον.
Έτσι τον ήξεραν οι Ηρακλειώτες μέχρι το 1955 όποτε άρχισαν οι ενέργειες για την αναστήλωση του.
Η ονοµασiα Παναγία Σταυροφόρων, αναφέρεται στο βιβλίο του Ιταλού αρχαιολόγου Γκερόλα ο οποίος στις αρχές του αιώνα απεστάλη από το Ενετικό Ινστιτούτο, Γραµµάτων και Τεχνών για να μελετήσει τα σωζόµενα μεσαιωνικά µνηµεία της Κρήτης. Έτσι το φθινόπωρο του 1954 άρχισε να αναπτύσσεται η ιδέα αναστηλώσεως του Ναού, µε την πρωτοβουλία του τότε Μητροπολίτου Κρήτης Ευγενίου και συµµετοχή παραγόντων της πόλεως ήτοι της Εφορίας Bυζαvτινών αρχαιοτήτων και άλλων. Το ταμείο αρχαιολογικών απαλλοτριώσεων ενέκρινε την αγορά και ζήτησε την έγκριση της αναστηλώσεως του από το αρμόδιο αρχαιολογικό συμβούλιο.
Τζαμί και καταυλισμός προσφύγων
Επί Τουρκοκρατίας, η Παναγία των Σταυροφόρων μετατράπηκε σε τζαμί, με το όνομα Αγκεμπούτ Πασά. Ο μιναρές σωζόταν ως τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Ο ναός έχει χρησιμοποιηθεί ως εκλογικό κέντρο, ενώ μετά την Μικρασιατική Καταστροφή, υπήρξε «καταφύγιο» για τους πρόσφυγες.
Ο ναός καταστράφηκε από τους Γερμανούς, κατά την διάρκεια της Μάχης της Κρήτης, το 1941. Για πολλά χρόνια, οι κάτοικοι της πόλης θεωρούσαν ότι ήταν αφιερωμένος στον Άγιο Μάρκο, εξαιτίας μίας τοιχογραφίας που είχε βρεθεί στο εσωτερικό του.
Στα μέσα της δεκαετίας του 1950, ξεκίνησαν οι εργασίες αναστήλωσης του ναού. Η πρώτη Θεία Λειτουργία στην αναστηλωμένη εκκλησία της Παναγίας των Σταυροφόρων τελέστηκε το 1963.
/kritimono.gr